|
|
Role F420-dependentních oxidoreduktáz u aktinobakterií
Kekrt, Lukáš ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Palyzová, Andrea (oponent)
je neobvyklý kofaktor účastnící se oxidoredukčních reakcí v buňkách některých mikroorganismů. Role závislých oxidoreduktáz byla obsáhle popsána případě centrálního metabolismu archea, zejména methanogenů. Naproti tomu aktinobakterií je naše znalost o těchto enzymech velmi omezená. Tato práce se zabývá charakterizací vybraných oxidoreduktáz aktinobakterií rodiny hydridových transferas odvozených od luciferas, u kterých se předpokládá, že využívají kofaktor F . Konkrétně se jedná o biosyntetické proteiny Apd6 a jejich sekvenční homology. Byly připraveny a purifikovány tři rekombinantní proteiny, jejichž enzymová aktivita byla testována v přítomnosti a souboru hypotetických substrátů prostřednictvím reakcí. Produkty reakcí byly monitorovány pomocí kapalinové chromatografie s UV a hmotnostně spektrometrickou detekcí. Prostřednictvím reakcí byly detekovány některé z očekávaných reakčních produktů a odpovídající proteiny tedy byly katalyticky aktivní. Jeden z proteinů překvapivě vykázal neobvyklou reakční specifitu. Klíčová slova: specializovaný metabolismus, aktinobakterie, kofaktor , oxidoredukční reakce, reakční specifita, 4 prolinové deriváty.
|
|
|
Mikrobiální společenstva v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy
Průchová, Pavla ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Tato práce se zabývá mikrobiálními společenstvy, žijícími v půdě dlouhodobě vystavené působení těžkých kovů. Ve dvou lokalitách na Příbramsku s odlišným stupněm kontaminace byly provedeny odběry půdy. U vzorků byla změřena respirace in vitro po přídavku zdrojů uhlíku a za různé míry zátěže kadmiem, jedním z kovů, jimiž je lokalita kontaminována. Z půdy po inkubaci se zdroji uhlíku a z kontroly bez přídavku byly odebrány vzorky a z nich izolována enviromentální DNA. Ze vzorků enviromentální DNA byl amplifikován gen kódující 16S rRNA u aktinobakterií, získaný směsný amplikon byl analyzován stanovením polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu. Získané profily byly použity ke srovnání aktinobakteriálních společenstev v obou skupinách vzorků půd a v jednotlivých ošetřeních. Analýza ukázala jasné odlišení dvou různě kontaminovaných lokalit a různě výrazné posuny ve složení společenstev po přidání substrátu.
|
|
|
Geny sekundárního metabolismu v půdních bakteriálních společenstvech
Patrmanová, Tereza ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Potřeba nových antibiotik a dalších sloučenin s biologickou aktivitou je důvodem zvýšeného zájmu o sekundární metabolity půdních bakterií. V půdním prostředí má dominantní postavení kmen Actinobacteria, jehož potenciál spočívá ve schopnosti produkce širokého spektra antibiotik a také přítomnosti řady mechanismů, kterými se působení antibiotik brání. Cílem této diplomové práce bylo pomocí navržených primerů a primerů převzatých z publikací stanovit počty kopií vybraných genů sekundárního metabolismu v půdách dvou lokalit. Nepodařilo se navrhnout dostatečně účinné nové primery k detekci vybraných genů v půdním prostředí, a proto byly použity pouze již publikované primery, jejichž specifita byla ověřena. Ve vzorcích odebraných z půdních profilů dvou stanovišť byla prostřednictvím digitálního PCR stanovena množství bakterií, aktinobakterií, genů pro polyketid-syntázu typu II a Erm metyltransferázu zprostředkovávající rezistenci k antibiotikům skupiny MLSB (makrolidy, linkosamidy a streptograminy B). Porovnání stanovených počtů genových kopií přineslo informaci o struktuře bakteriálního společenstva a o zastoupení bakterií nesoucích vybrané geny sekundárního metabolismu v závislosti na změně podmínek vlivem stromového patra a narůstající hloubky půdního profilu. Množství bakterií a aktinobakterií byla...
|
|
|
Geny sekundárního metabolismu v půdních bakteriálních společenstvech
Patrmanová, Tereza ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Potřeba nových antibiotik a dalších sloučenin s biologickou aktivitou je důvodem zvýšeného zájmu o sekundární metabolity půdních bakterií. V půdním prostředí má dominantní postavení kmen Actinobacteria, jehož potenciál spočívá ve schopnosti produkce širokého spektra antibiotik a také přítomnosti řady mechanismů, kterými se působení antibiotik brání. Cílem této diplomové práce bylo pomocí navržených primerů a primerů převzatých z publikací stanovit počty kopií vybraných genů sekundárního metabolismu v půdách dvou lokalit. Nepodařilo se navrhnout dostatečně účinné nové primery k detekci vybraných genů v půdním prostředí, a proto byly použity pouze již publikované primery, jejichž specifita byla ověřena. Ve vzorcích odebraných z půdních profilů dvou stanovišť byla prostřednictvím digitálního PCR stanovena množství bakterií, aktinobakterií, genů pro polyketid-syntázu typu II a Erm metyltransferázu zprostředkovávající rezistenci k antibiotikům skupiny MLSB (makrolidy, linkosamidy a streptograminy B). Porovnání stanovených počtů genových kopií přineslo informaci o struktuře bakteriálního společenstva a o zastoupení bakterií nesoucích vybrané geny sekundárního metabolismu v závislosti na změně podmínek vlivem stromového patra a narůstající hloubky půdního profilu. Množství bakterií a aktinobakterií byla...
|
|
|
Izolace specifických druhů bakterií z permafrostu
RODOVÁ, Ivana
Tato práce se zaměřuje na izolaci a charakterizaci bakterií z permafrostu Arktidy, které jsou schopné rozkládat alifatické a aromatické uhlovodíky. Jelikož dřívější analýzy ukázaly, že v permafrostu dominují Proteobakterie a Aktinobakterie, byla i tato práce zaměřena na tyto dvě skupiny. Alifatické a aromatické uhlovodíky rozkládá velice specializovaná skupina bakterií, které mají unikátní enzymatický aparát. Díky této schopnosti se podílejí na cyklu uhlíku ve specifických kryoturbovaných půdních horizontech Arktidy, kde byl prokázán vysoký výskyt alifatických a aromatických uhlovodíků. V neposlední řadě lze tyto bakterie využít i k biotechnologickým účelům při odbourávání ropných uhlovodíků a dalších polutantů.
|
|
|
Složení a aktivita mikrobiálních společenstev v půdě kontaminované těžkými kovy
Průchová, Pavla ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na změny v mikrobiálním společenstvu v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy. Na Příbramsku byly vybrány dvě lokality s různým stupněm zatížení. U vzorků půdy byla měřena respirační aktivita in vitro s přídavky různých zdrojů uhlíku a různých koncentrací kadmia. Hodnoty respirace ukázaly, že i při koncentraci kadmia 1000 mg.kg-1 je společenstvo životaschopné a přídavky substrátů ještě respiraci zvýšily. Ze vzorků půdy byla izolována environmentální DNA a byl amplifikován gen pro 16S rRNA aktinobakterií. Analýza polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu ukázala jasný rozdíl mezi profily obou lokalit. U vzorků s přídavky substrátů došlo k různě výrazným posunům v profilu společenstva. Byla provedena kvantifikace celkových bakterií a aktinobakterií metodou kvantitativní PCR, na základě amplifikace části genu pro 16S rRNA. Ve více zatížené lokalitě je o něco více bakterií, ale téměř dvojnásobek aktinobakterií než v méně kontaminované lokalitě. Sekvenování amplikonů části genu pro 16S rRNA na platformě firmy Illumina ukázalo zvýšení podílu aktinobakterií a změny struktury jejich společenstva u více kontaminované lokality. Výsledkem je zjištění, že vyšší dlouhodobá kontaminace těžkými kovů zvyšuje respirační aktivitu i při navození stresových podmínek přídavkem kadmia...
|
|
|
Společenstva aktinobakterií v zemědělské půdě na lokalitách s výskytem obecné strupovitosti brambor.
Daniel, Ondřej ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Tato diplomová práce je zaměřena na prozkoumání vztahů mezi chemickými vlastnostmi, aktinobakteriálními společenstvy zemědělských půd a výskytem obecné strupovitosti, která je způsobena zástupci rodu Streptomyces. Cílem monitorovací studie na třiceti třech lokalitách pokrývajících hlavní pěstitelské oblasti ČR bylo najít závislosti, na jejichž základě lze predikovat výskyt obecné strupovitosti. Další část práce se zabývala srovnáním společenstev aktinobakterií a výskytu streptomycet nesoucích gen txtA (gen biosyntetické dráhy fytotoxinu thaxtominu A) v půdách s vyšším a nižším výskytem strupovitosti. V rámci monitorovací studie byla pro zjištění struktury aktinobakteriálních společenstev využita metoda analýzy polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu (T-RFLP). V případě půd s odlišným výskytem obecné strupovitosti byla kvantifikace aktinobakterií a streptomycet nesoucích gen txtA provedena metodou PCR v reálném čase. Monitorovací studie ukázala negativní korelace mezi mírou napadení obecnou strupovitostí a (i) obsahem využitelného fosforu v půdě a (ii) diverzitou aktinobakteriálního společenstva. Zjištěné výsledky monitorovací studie byly využity pro tvorbu modelu predikujícího výskyt obecné strupovitosti. Kvantifikace PCR v reálném čase ukázala, že se odlišuje četnost aktinobakterií...
|
|
|
Mikrobiální společenstva v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy
Průchová, Pavla ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Tato práce se zabývá mikrobiálními společenstvy, žijícími v půdě dlouhodobě vystavené působení těžkých kovů. Ve dvou lokalitách na Příbramsku s odlišným stupněm kontaminace byly provedeny odběry půdy. U vzorků byla změřena respirace in vitro po přídavku zdrojů uhlíku a za různé míry zátěže kadmiem, jedním z kovů, jimiž je lokalita kontaminována. Z půdy po inkubaci se zdroji uhlíku a z kontroly bez přídavku byly odebrány vzorky a z nich izolována enviromentální DNA. Ze vzorků enviromentální DNA byl amplifikován gen kódující 16S rRNA u aktinobakterií, získaný směsný amplikon byl analyzován stanovením polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu. Získané profily byly použity ke srovnání aktinobakteriálních společenstev v obou skupinách vzorků půd a v jednotlivých ošetřeních. Analýza ukázala jasné odlišení dvou různě kontaminovaných lokalit a různě výrazné posuny ve složení společenstev po přidání substrátu.
|
|
|
Ekologie Aktinobakteriálních čeledí \kur{Micrococcaceae, Streptomycetaceae} a \kur{Nocardiaceae} v terestrických ekosystémech
HEJDOVÁ, Barbora
The families Micrococacceae, Nocardiaceae and Streptomycetaceae belong to a large phylum Actinobacteria. This phylum is ecologicaly important and many of its members are mainly found in soil, where they are involved in the carbon cycle and other degradation processes. This capability of degradation of complex bololymers is typical for the genera Arthrobacter and Rhodococcus in the bioremediation process. Other members like Streptomycetes are characterized by the ability to produce antibiotics, which are used in the pharmaceutical industry. In this work, we focuse on metabolism of selected actinobacterilal families, but also on the pathogenicity and to their occurrence in different habitats. We will use these pieces of information to evaluate the abundance and metabolic potential of these families in soil collected from the north-eastern region of Siberia along the Kolyma River (Cherskii, Republic of Sakha, Russia). Sequencing of the samples showed the highest occurrence of Streptomyces and Arthrobacter genera and have also relatively large metabolic potential cellulose and phenolics degradation, mainly in the upper soil layers.
|
|
|
Význam Aktinobakterií v permafrostu sibiřské Arktidy
BOŠKOVÁ, Hana
Tato práce je zaměřena na bakteriální kmen Aktinobakterie a popisuje jejich význam v arktických půdách. Zástupci Aktinobakterií dokáží rozkládat složité přírodní biopolymery a protože jsou schopni žít v drsných arktických podmínkách, mohli by zde při rozkladu organické hmoty hrát významnou roli. Práce porovnává zastoupení Aktinobakterií v půdních horizontech s důrazem na kryoturbace a zabývá se vlivem teploty na jejich množství. Dále uvádí výsledky testování čistých bakteriálních izolátů na produkci celulolytických enzymů.
|
host ::
RSS.